填料硅膠基質(zhì)：純度高本錢低，強度大，化學修飾輕易，但pH值范圍有限。大多硅膠基質(zhì)填料在pH2-8之間穩(wěn)定，但經(jīng)過特殊修飾的硅膠鍵合相可以穩(wěn)定在pH1.5-10。聚合物基質(zhì)：應用pH值范圍寬，溫度穩(wěn)定(高溫可以達到80度以上)，機械強度小。
顆粒外形，大多現(xiàn)代HPLC填料都是球形顆粒，但有時是不規(guī)則的顆粒。球形顆粒提供較低的柱壓、較高的柱效和穩(wěn)定性以及較長的柱壽命在使用高粘度的活動相時，不規(guī)則顆粒有較大比表面積和相對低廉的價格。顆粒粒徑，粒徑越小柱效越高、分離度越高，但同時會導致較高柱壓降。選擇1.5-3μm的填料以解決一些復雜樣品，UPLC可以使用1.5μm的填料;另外10μm或更大粒徑的填料用作半制備或制備柱。
含碳量指的是硅膠表面鍵合相的比例，與比表面積和鍵合覆蓋度等有關(guān)。高含碳量進步柱容量、分辨率及分析時間，用于要求高分離度的復雜樣品;低含碳量分析時間短、展現(xiàn)不同的選擇性，用于快速分析簡單樣品及需要高含水活動相條件的樣品。一般C18的含碳量在7-19%不等。
孔徑和比表面積，HPLC吸附介質(zhì)是多孔的顆粒，盡大多數(shù)的反應表面于孔內(nèi)。因此，分子必須進進孔內(nèi)才能被吸附和分離。孔徑和比表面積是相輔相成的兩個概念。孔徑小比表面積大，反之亦然。比表面積大，增加樣品與鍵合相之間的反應，增加保存，上樣量和復雜成分的分離度;比表面積小，平衡時間快，適合梯度分析。
孔容，又稱“孔體積”。指單位顆粒的空隙體積大小。它能很好的反應填料的機械強度。孔體積大的填料相對孔體積小的填料機械強度要略弱。孔體積為1.5mL/g或更小的填料大多用于HPLC分離，而孔體積大于1.5mL/g的填料使用于尺寸排阻色譜和低壓色譜。
封端能夠降低極性堿性化合物由于與裸露的硅醇基相互作用而產(chǎn)生的拖尾峰。不封端鍵合相相對封端鍵合相會產(chǎn)生不同的選擇性，尤其是極性樣品。
液相色譜柱選擇首先確定分離目的，確定你的應用是否要求高分離度、短分析時間、高靈敏度、長柱壽命。然后評估分析物的化學性質(zhì)評估分析物的化學性質(zhì)，比如化學結(jié)構(gòu)、穩(wěn)定性等。最后選擇合適的色譜柱了解色譜填料的物理和化學性質(zhì)。
液相色譜的柱子通常分為正相柱和反相柱。正相柱大多以硅膠為柱，或是在硅膠表面鍵合-CN,-NH3等官能團的鍵合相硅膠柱;反相柱填料主要以硅膠為基質(zhì)，在其表面鍵合非極性的十八烷基官能團(ODS)稱為C18柱，其它常用的反相柱還有C8和苯基柱等。另外還有離子交換柱，聚合物填料柱等。
色譜柱在使用前，最好進行柱的性能測試，并將結(jié)果保存起來，作為今后評價柱性能變化的參考。在做柱性能測試時要按照色譜柱出廠報告中的條件進行(出廠測試所使用的條件是最佳條件)，只有這樣，測得的結(jié)果才有可比性。但要注意：柱性能可能由于所使用的樣品、流動相、柱溫等條件的差異而有所不同。
