液相色譜的柱子通常分為正相柱和反相柱。正相柱大多以硅膠為柱，或是在硅膠表面鍵合-CN,-NH3等官能團的鍵合相硅膠柱;反相柱填料主要以硅膠為基質，在其表面鍵合非極性的十八烷基官能團(ODS)稱為C18柱，其它常用的反相柱還有C8和苯基柱等。另外還有離子交換柱，聚合物填料柱等。
色譜柱在使用前，最好進行柱的性能測試，并將結果保存起來，作為今后評價柱性能變化的參考。在做柱性能測試時要按照色譜柱出廠報告中的條件進行(出廠測試所使用的條件是最佳條件)，只有這樣，測得的結果才有可比性。但要注意：柱性能可能由于所使用的樣品、流動相、柱溫等條件的差異而有所不同。
液相色譜柱的維護有：色譜柱的平衡、色譜柱的再生、色譜柱的維護。色譜柱的平衡反相色譜柱由出廠測試后是保存在乙腈/水中的。新柱應先使用10-20倍柱體積的甲醇或乙腈沖洗色譜柱。請一定確保您分析樣品所使用的流動相和乙腈/水互溶。平衡開始時將流速緩慢地提高，用流動相平衡色譜柱直到獲得穩定的基線(緩沖鹽或離子對試劑流速如果較低，則需要較長的時間來平衡)。
如果使用的流動相中含有緩沖鹽，應注意用純水"過渡"即每天分析開始前必須先用純水沖洗30分鐘以上再用緩沖鹽流動相平衡;分析結束后必須先用純水沖洗30分鐘以上除去緩沖鹽之后再用甲醇沖洗30分鐘保護柱子。換流動相時緩沖鹽不要直接與純有機相過渡，防止鹽析堵塞柱子。
色譜柱的再生長期使用的色譜柱，往往柱效會下降(柱子的理論塔板數減低)。可以對色譜柱進行再生，選擇再生方法：極性固定相(如Si，NH2 填料)的再生：正庚烷→氯仿→乙酸乙酯→丙酮→乙醇→水，非極性固定相(如反相色譜填料RP-18，RP-8，CN等)的再生：水→乙腈→氯仿(或異丙醇)→乙腈→水。
在對NH2改性的色譜柱進行再生時，由于NH2可能以銨根離子的形式存在，因此應該在水洗后用0.1M的氨水沖洗，然后再用水沖洗至堿溶液完全流。0.05M稀硫酸可以用來清洗已污染的色譜柱，如果簡單的用有機溶劑/水的處理不能夠完全洗去硅膠表面吸附的雜質，在水洗后加用0.05M稀硫酸沖洗非常有效。
色譜柱的維護中使用預柱保護分析柱(硅膠在極性流動相/離子性流動相中有一定的溶解度)，大多數反相色譜柱的pH穩定范圍是2-7.5，盡量不超過該色譜柱的pH范圍。避免流動相組成及極性的劇烈變化，而且流動相使用前必須經脫氣和過濾處理，如果使用極性或離子性的緩沖溶液作流動相，應在實驗完畢柱子沖洗干凈，并保存于甲醇或乙腈中。
