短鏈脂肪酸(Short-Chain Fatty Acids，SCFAs)是以碳原子數目小于6的有機脂肪酸為主，又稱揮發性脂肪酸(volatile fatty acids，VFA)，是腸道內未消化的復合碳水化合物被結腸厭氧微生物發酵的主要代謝終產物。主要包括乙酸、丙酸、異丁酸、丁酸、異戊酸、戊酸和己酸等。
測定SCFAs 的含量是反映腸道菌群狀況以及診斷和治療某些疾病的重要生理指標。目前用于分析SCFAs的生物樣品主要有糞便、腸道及腸道內容物、尿液、血清/血漿、乳液、唾液等。樣品前處理是分析SCFAs關鍵步驟，不同類型生物樣品的前處理手段有所不同：對于基質復雜的生物樣品，一般需要先去除蛋白免受基質干擾，然后采用蒸餾法、超濾法、高速離心法、萃取法、衍生化等方法進一步純化;對于雜質較少的液體類樣品可稀釋后進行純化處理或稀釋后直接檢測。在諸多純化方法中，由于蒸汽污染、分離不完全或定量不準確等原因，蒸餾法、超濾法等方法逐漸被其他方法代替，高速離心法多與其他提取方法聯用以輔助樣品分離。
含SCFAs的生物樣品基質多較為復雜，容易對測定產生干擾，甚至影響儀器性能，因此去除蛋白對于分析SCFAs尤為重要。去除蛋白的方法有酸沉淀法、有機溶劑沉淀法、鹽析法等。高氯酸、硫酸、鹽酸等是常用的酸性沉淀劑，但強酸性會降低樣品pH和稀釋樣品，降低檢測靈敏度甚至造成儀器損傷。利用甲醇、乙腈、異丙醇等有機溶劑可以克服酸沉淀法的缺點，有利于SCFAs萃取。鹽析法是在樣品溶液中加入無機鹽以改變揮發性組分的分配系數，使SCFAs與基質分離。
針對SCFAs的檢測技術較多，且各有特色和優勢。以最常見的短鏈脂肪酸幾種檢測方法為例，常規的檢測方法如氣相色譜法、氣相色譜質譜聯用、液相色譜法、 離子排阻色譜法等，傅里葉紅外光譜、核磁共振等。
目前我們最常用的氣相色譜串聯質譜法。氣相色譜串聯質譜法是在氣相色譜基礎上，樣品中各組分經氣相色譜分離后，質譜作為其檢測器，先將被測物質離子化，根據離子的質荷比進行分離。質譜法較單純色譜法相比不光能定量，還能更準確地對短鏈脂肪酸進行定性，并有效減少干擾峰，且靈敏度也大大提升，同時氣質儀器還有用相應的質譜譜庫。氣相色譜串聯質譜儀較氣相色譜在靈敏度上有所提升，而且有譜庫可以比對，沒有標準品情況下也能對樣品中短鏈脂肪酸進行定性，分析時間上同氣相基本一樣。
短鏈脂肪酸是維持動物腸道平衡的重要代謝產物，在動物體內能參與不同器官的代謝，因此其檢測方法尤為重要。目前針對檢測SCFAs的生物樣品，利用較多的是糞便，對其他生物樣品如血漿、尿液、乳液中SCFAs的研究還相對匱乏。樣品前處理方法較多，但各有利弊，缺乏通用、簡捷、標準化的預處理方法。
儀器方面主要應用色譜及色譜質譜聯用技術，各項檢測技術各有利弊，根據樣品濃度高低的要求，以及實驗室自身儀器裝備來選擇不同的檢測技術。未來短鏈脂肪酸檢測方法的開發中，應結合現在高分辨質譜的優勢，目前高分辨質譜技術崛起，具有高分辨率、高靈敏度和高準確度的儀器為未來檢測帶來無限可能。
